Otajonboy madrasasi Pahlavon Mahmud majmuasidagi oxirgi qurilgan imoratlardan bo‘lgani uchun tarhi notekis to‘rtburchakli. Kirish dahlizi gumbaz bilan bostirilgan bo‘lib, shundan hovliga chiqiladi. Madrasaning maxsus o‘quv xonasi     bo‘lmagani sababli uning vazifasini bittagina janubi – g‘arbiy tomondagi  katta xona bajargan bo‘lishi kerak. Masjid va xonalar balxi usulda bostirilgan. Masjidning mehrobidagi ozgina ganchdan ishlangan muqarnas stalaktitni va eshik oldi peshtoqidagi o‘rnatilgan ko‘k ko‘zmunchoq – bantiklarni hisobga olmaganda madrasaga bezak berilmagan.
Bugungi kunda madrasada yog‘och o‘ymakorligi ustaxonasi ishlab turibdi.