Расположено к юго-востоку от комплекса Пахлаван Махмуд. Оно было построено мастером Каландар Качимом по приказу Мухаммад Рахимхана II. Медресе Атажанбай примыкает к медресе Мазари Шариф с восточной стороны. Вход в медресе в южной стене, через купольную галерею с большой аркой, выходящую во двор. Только входной портал оформлен глазурованными кирпичами зеленого цвета.