Медресе Мазари Шариф построено преуспевающим хивинским землевладельцем Атажанбаем. Если смотреть сверху очертания медресе выглядят как четырехугольник, вытянутый в поперечном направлении от востока к западу, асимметричный по отношению к входу в южной стене. Рядом с северо-западной стеной расположено медресе Мазари Шариф, а между ними есть внутренний коридор. Эти два медресе выглядят как один комплекс.